את זוכרות הקימה קבוצה קטנה של פעילות ופעילים ישראלים יהודים בשנת 2002, במטרה לקרוא להכרה בנכבה ובזכות השיבה הפלסטינית בחברה הישראלית. 

בימים שאחרי פרוץ האינתיפאדה השנייה והתמוטטות תהליך אוסלו, כשהחברה הפלסטינית גם בתוך ישראל איבדה אמון בתהליכים מדיניים ובמקביל ישראלים רבים הצהירו ש"אין פרטנר", המייסדות והמייסדים של זוכרות הבינו שהסירוב של החברה הישראלית ללמוד על הנכבה, אי הכרה בדיכוי תחתיו חיים פלסטינים תחת השלטון הישראלי וההתעלמות מזכויותיהם של הפליטות והפליטים הפלסטינים הם שהובילו למבוי סתום בתהליך שמתחילתו נעדר רצון טוב, כנות או הכרה בשאיפות הלגיטימיות של העם הפלסטיני.  

כל אלה לא היו כלל חלק מהשיח הישראלי. למרות ששרידי ישובים פלסטיניים שהושמדו פזורים ברחבי המדינה, רוב הישראליות והישראלים לא הכירו את המילה נכבה ומעולם לא למדו לחשוב על המדינה שהן חיות בה ככזאת שהוקמה תוך פשעי מלחמה וממשיכה בהם היום. במקום זאת, ישראלים לומדים להאמין בנראטיב שקרי, מלא עיוותים אך מפתה של "מעטים מול רבים" ושל "ארץ ללא עם לעם ללא ארץ". 

זוכרות נולדה מההחלטה  של פעילות ופעילים שחונכו בעצמם בתוך הפרדיגמה הציונית לסרב למאמצי ההסתרה וההדחקה ולקחת אחריות על פשעי העבר ועל העתיד. ההכרה הזו התחילה בסיור ב"פארק קנדה" של הקרן הקיימת לישראל ולמידה על הכפרים עמואס, יאלו ובית נובא שכל תושביהם גורשו ב-1967 ועל הריסות חייהם הוקם הפארק. שם עלה הרעיון להציב שלטים שמזכירים את הכפרים שנמחקו מהמרחב ומהזיכרון הישראלי כדרך לחשוף את האמת, רעיון שעם הקמת זוכרות הורחב למאות הכפרים, הערים והעיירות שנהרסו ב-1948 ואחריה, כדרך להנכיח בכל מרחב בו חיים ישראלים את החיים הפלסטיניים שנמחקו מהמרחב הפיזי ומהזיכרון.

מאז הקמתה רואה זוכרות את חשיפת האמת ההיסטורית כיעד מרכזי. למרות העמדה שנמצאת מחוץ לגבולות הקונצנזוס הישראלי הארגון הצליח לפקוח את עיניהם של אלפי אנשים ולגרום לחשיבה מחדש על ההיסטוריה וההווה בקרב קבוצות רבות ומשמעותיות. אבל אנחנו לא מסתפקות בהנגשת מידע היסטורי וחינוך לידיעת העבר. אנחנו מדגישות שהנכבה אינה רק אירוע היסטורי אלא תהליך שנמשך עד היום לנישול העם הפלסטיני מכל מולדתו. לנו בזוכרות חשוב להמשיך להצביע על כך, וגם לקרוא למימוש זכות השיבה הפלסטינית, שהיא בעינינו מפתח לדה-קולוניזציה ודה-ציוניזציה של המרחב, כלומר לשינוי של משטר שבו זכויות מלאות כולל הגדרה עצמית נתונות ליהודים בלבד,  ויצירת פתרון צודק ובר קיימא. זוכרות הוקמה בשנים בהן רבים  - ישראלים, פלסטינים ואחרים - איבדו תקווה לפתרון של שלום ופיוס במרחב שבין הים לירדן. העמדה שלנו הפוכה: אנחנו מתעקשות על תקווה כעמדה רדיקלית ועל חיים משותפים. אולם התקווה שלנו אינה מנותקת מהמציאות ומהעובדות ההיסטוריות. לכן אנחנו מדגישות שפתרון בר קיימא מחייב את החברה הישראלית  להביט באומץ ובכנות על שורשי הסכסוך ולקחת אחריות על העוולות שנעשו ונעשות, וכי החיים המשותפים שאנו מכוונות אליהן ייתכנו רק עם פירוק משטר שמעניק פריבילגיות ליהודים ומשאיר פלסטינים בעמדה שולית. 

כדי להניע שינוי עומק של החברה בישראל לקראת שיבה, צדק ושוויון, אנחנו יודעות שעלינו לקרוא תיגר לא רק על יחסי הכוח הקולוניאליים, אלא גם על אלו המגדריים, האתניים והמעמדיים. לכן, בשלב מוקדם בחרנו להשתמש בצורת הפועל "זוכרות", כביטוי לניסיון ליצור חלופה לזיכרון המיליטריסטי שרווח בחברה הישראלית לגבי מלחמת 1948, ואנו מקפידות להקשיב וללמוד מנשים פלסטיניות – עדות, חוקרות, אמניות ואקטיביסטיות, ולהביא את קולן גם לציבור היהודי בישראל. 

בדומה, כיוון שלא ניתן לנתק את הפרויקט הציוני מאידיאולוגיות של גזע, הדיון שלנו בנכבה ובדה-קולוניזציה מתייחס גם לעליונות לבנה ולפרקטיקות של בידול ובלעדיות. בתוך כך, מאז 2015 זוכרות עוסקת ישירות באופנים בהם החברה היהודית בישראל יכולה לקחת אחריות על הנכבה מבלי להתכחש ליחסי הכוח בין יהודים אירופאים ציונים לבין יהודים ממדינות ערב והאסלאם וכן בדרכים בהן ניתן להיאבק בפערים מעמדיים ומגדריים ובגזענות בתוך החברה היהודית מבלי להעמיק את דיכוי הפלסטינים. אנו רואות בעמדה פמיניסטית ואנטי-גזענית זו תנאי לשחרור מלא ושוויון בר קיימא, ואנו מחוייבות אליה לא רק תיאורטית, אלא מעשית, הן בתוך הארגון והן כלפי חוץ.

זוכרות היה ונותר הארגון היחיד שמתמקד במשימת ההכרה בנכבה ותמיכה בזכות השיבה בקרב החברה הישראלית. במשך השנים, למרות הסתמכות בעיקר על תרומות מצומצמות מהציבור ומקרנות לא ממשלתיות, זוכרות הצליחה להנגיש מידע מקיף על הנכבה ועל זכות השיבה בעברית שלא היה קיים קודם לכן. 

עשרות אלפי ישראליות וישראלים השתתפו בסיורים שלנו לכפרים, עיירות וערים פלסטיניות שרוקנו מיושביהן ונהרסו ב-1948, וכך למדו היסטוריה שלא היו מודעות לה של המרחב שהם חיות בו וגם למדו להתחיל לחשוב על שיבה פלסטינית לא כאיום אלא כמפתח לפתרון. אלפים אחרים השתתפו בקורסים, סדנאות, קבוצות לימוד, כנסים, דיונים ופעילויות שזוכרות יזמה.

מאגר העדויות של זוכרות כולל עדויות של עשרות שורדות ושורדים של הנכבה וכן עדויות של ישראלים שלחמו ב-1948 וסיפרו על פשעי מלחמה שהשתתפו בהם. הוא כולל גם פרטים על האתרים שרוקנו מתושביהם ונהרסו ומסמכים היסטוריים על הקולוניאליזם הציוני.

ב-2014 זוכרות השיקה את ה-iNakba אפליקציה לטלפונים ניידים שמאפשרת לנווט אל ישובים פלסטיניים עקורים וללמוד על ההיסטוריה שלהם. זה כלי ייחודי שמשרטט את מפת הארץ הבלתי נראית – זאת שנהרסה והוסתרה מן העין. עשרות אלפים השתמשו ומשתמשים באפליקציה וביניהם גם פליטים פלסטינים שמבקשים לחזור לראות את כפרי המוצא שלהם. ב-2022 האפליקציה מושקת מחדש והיא מבטאת את החזון שלנו לדה-קולוניזציה ובנייה מחדש של פלסטין כמרחב של צדק ושוויון לכל תושביה. 

היום, זוכרות היא עמותה רשומה עם חמש נשות ואנשי צוות ועשרות חברות וחברי עמותה, מתנדבות ומתנדבים, רובם יהודים ישראלים, ועם בסיס קהילתי רחב של משתתפות בפעילויות ותומכות בארץ ובעולם. 

זוכרות מקיימת סדנאות, כנסים וקבוצות לימוד ופעולה להעמקה בפרקטיקות של שיבה, כלומר לא רק הכרה בזכות אלא חשיבה על ההסדרים והפעולות שיוכלו לאפשר שיבה ולתמוך בחיים לפליטים השבים ולכל יושבות ויושבי הארץ. 

בכל מגוון הפעולת האלה, זוכרות ממשיכה להיות אחת הקבוצות היחידות בחברה הישראלית שמשרטטת חזון רדיקלי וקוהרנטי לצדק בפלסטין שכולל את זכויות כל תושביה ושביה.