הסרט "מחילות" מספר את סיפורו של דויד אדלר, חייל בן 20, ישראלי-אמריקאי אשר מחליט לחזור לישראל רק כדי למצוא את עצמו מאושפז במוסד לחולי רוח אשר שוכן על אותן הריסות של הכפר הפלסטיני שנקרא "דיר יאסין".

חזיונות מהעבר ומהעתיד מגלים אירועים אשר הוליכו לאישפוזו. רוחה של ילדה בת 10 אוחזת בסוד החידה. רק כאשר הסוד נגלה יכולה היא למצוא מנוחה ולתת גם לדויד את האפשרות לסיים גורל ידוע מראש.

דוקטור איציק שמש, רופא פסיכיאטר במוסד מזריק לדויד סם כימו-טכנולוגי בניסיון לבנות גשר מעבר לאיזור הטראומה ולאפשר לדויד לחיות חיים נורמליים. למרות ספקותיו האתיים לגבי מתן הסם, המעשה הינו מראה להדחקותיו האישיות.

דוקטור שמש מקבל אישור להשתמש בסם מאביו של דויד, הנרי אדלר, ניצול שואה, אשר בילה זמן קצר בישראל לפני שהפך לאחד המוזיקאים המשפיעים ביותר באמריקה.

הנרי, אשר ניחן בשחצנותו של אדיפוס ומאמין בהתגברות רציונאלית על טראומה, אינו יכול להבין מדוע בנו מאושפז. אך תשוקתו של הנרי לחיים ושאיפתו לנורמליות גורמת לו לחיות עם הדחקת העבר. העבר הזה הוא אינו נסבל עבור דויד ונפשו חסרת המנוחה מחפשת את האמת. הנרי עומד להתמודד מול אימת כל האימות כאשר האמת תצא לאור.

במוסד ישנו חולה עיוור בשם מוסלמן, גם הוא ניצול שואה אשר מבקש מדויד להקשיב לרוחות אשר רודפות אותו וכי יש להן משהו חשוב לספר לו.

כמו הנביא העיוור, טירסיאס, מוסלמן יודע כי האמת אינה מובילה למחילה ונחלה ולכן אינו מנסה לבנות את חייו מחדש לאחר המחנות. מוסלמן חי בין בעולם שבין המתים והחיים ולכן הוא יכול להיות המוליך בין רוחות הנרצחים לבין דויד.

אותם חזיונות עבר וחזיונות ועתיד, ביחד עם סיפור חייו של דויד מגלים את סיפור חזרתה הנצחית של הטראומה והגורל אשר נדמה כי אינו בר שינוי.